前回、目標1において作成したTCGA-BRCAのデータには、末尾に-01, -06,-11の3種類のデータがありそうなことが分かりました。TCGAデータには、TumorとNormalがあることが分かっているので、それぞれが何を意味しているのかGDC portal GDC にいっていくつかの情…

前回、行動2の中で今回のデータは行列に以下の情報が格納されていることが分かりました。 ・行：各geneの情報 ・列：subjectの情報 行動3 : 特定の癌種のsubjectデータの抽出(例. Breast Cancer/BRCAを抽出) それでは、目的の癌種の情報を抽出するためには、…

それでは、ここからはダウロードしたデータ ("tcga_RSEM_gene_tpm.gz")を使用して、ある癌腫のデータの抽出に進みたいと思いますが、今日はファイルの格納場所を設定し、ファイルを読み込む方法を記載したいと思います。 行動2 データを読み込み、構造を理解…

まず、1つ目の目標として、がん領域において非常に重要なTCGAデータのダウンロードと、その中身の確認方法を検討していきたいと思います。 それでは、1つめの目標をまずタイトルの通りに「TCGA dataの各癌腫ごとのTPMデータの取得」と設定することにします。…