今後にやっていきたいこと(随時更新予定) - Programming_by_biologist

① TCGAに含まれる正常組織との区別をどうするか:

　　>目標2:行動1で解決済み

② TPMデータを用いてDEGを算出する to adjacenyt normal tissue :

　　>DEGを求める手法を学習し(特性を理解し)、実際に使用する。

③ Normalに対してTumorのGSEA解析を実施する。

　　>GSEAを学習し(特性を理解し)、実際に使用する。

④ Tumor sampleのsub-classを探索して、性質を解析する。

④-1) Tumorの中にsubtypeが存在することを踏まえ、ばらつきの大きい遺伝子を用いてClusteirngを行う

④-2) Tumor内でのGSEA解析を実施する

⑤ single sample GSEA解析を行うことでTumorのgene set levelでの違いや特性を理解する。

上記は、１つの癌腫にこだわっての解析を記載していますが、TCGAのデータがPAN-Cancerで存在することを踏まえて、上記の解析以降は癌腫間の比較を行いたい場合はどうするか?考えていきたいと思います。